S platností nového Zák. č. 187/06 Sb. o nemocenském pojištění, ve znění novely č. 261/07 Sb., 305/08 Sb. a 302/09 Sb. vznikají organizaci nové povinnosti. Tato směrnice upravuje v podmínkách organizace situaci, kdy organizace svým zaměstnancům v pracovní neschopnosti poskytuje za prvních 14 kalendářních dnů náhradu mzdy (platu či odměny), dle Zák. práce (§ 192 a násl.) a to ve výši 60% upraveného (redukovaného) průměrného výdělku. Přičemž tato náhrada náleží za pracovní dny a určené svátky - a to při dočasné pracovní neschopnosti od 4. prac. dne a při karanténě od 1. prac. dne. Náhrada mzdy je splatná se mzdou za příslušné období. Nemocenské je zaměstnancům vypláceno OSSZ až od 15. kalendářního dne trvání pracovní neschopnosti (karantény), za kalendářní dny. Za zaměstnance jsou z titulu náhrady mzdy považovány osoby v pracovním poměru dle Zák. práce, či na základě dohody o pracovní činnosti (zde musí být pro účely výplaty náhrady stanoveno rozvržení pracovní doby do směn – tzv. fiktivní rozvrh). Náhrada mzdy (nemocenské) zaměstnanci náleží pouze za dobu, v níž trvá pracovní vztah zakládající účast na nemocenském pojištění (musí být splněn minimální počet dnů trvání zaměstnání a hranice minimální výše sjednaného příjmu). Tímto zákonem se tak významně zvyšuje zainteresovanost organizace na samotném vzniku prac. neschopnosti, její délce a výši poskytované náhrady svým zaměstnancům, neboť náhrada mzdy je poskytována z prostředků organizace. V průběhu své pracovní neschopnosti zaměstnanec nevytváří hodnotu pro svoji organizaci, naopak dochází k nárůstu finančních nákladů, ohrožení plnění cílů a úkolů organizace. Organizaci je proto zákonem umožněno (obdobně tak jako OSSZ, ÚP) kontrolovat své zaměstnance v době pracovní neschopnosti, zda dodržují léčebný režim. Nárok na nemocenské nemá zaměstnanec, který si úmyslně způsobil dočasnou pracovní neschopnost. Postup organizace při kontrole, povinnosti zaměstnance v době své pracovní neschopnosti a motivační systém pro snižování nemocnosti v naší organizaci jsou uvedeny níže.